段晨晨, 邓博文, 康宁, 桑锋, 刘真, 钱洁玉, 李杰, 刘志斌, 张清燕, 李强
目的: 以C-C趋化因子受体5(C-C chemokine receptor type 5,CCR5)为靶点,利用计算机辅助药物设计技术中的虚拟筛选技术、体外抗病毒活性实验、细胞毒性测试以及分子动力学实验筛选出低毒性、高抗艾滋病病毒(HIV)活性的中药化合物抑制剂,并探究其内在结合机制。方法: 接受者操作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)评估Ledock、AutoDock Vina对接软件对于CCR5结构灵敏性,选择适合CCR5抑制剂筛选的对接软件,运用多级筛选的策略对中药系统药理数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)中的中药化合物进行筛选。利用荧光素酶报告基因的表达检测中药化合物的抗HIV活性,细胞毒性实验测试中药化合物对MAGI-CCR5、L02细胞毒性,分子动力学实验验证中药化合物与CCR5的结合作用。结果: ROC曲线确定了分子对接软件(Ledock,AUC=0.899),虚拟筛选得到8种潜在拮抗CCR5的中药天然小分子;抗HIV活性实验及细胞毒性测试获得2个低毒性、高抗HIV活性中药化合物MT[IC50,(21.79±4.12)μmol·L-1;CC50MAGI-CCR5,(170.20±7.75)μmol·L-1;CC50L02,(108.04±11.64)μmol·L-1]及FY[IC50,(6.69±1.40)μmol·L-1;CC50MAGI-CCR5,(97.82±10.57)μmol·L-1;CC50L02,(114.70±10.40)μmol·L-1]。分子动力学实验表明,MT-CCR5、FY-CCR5体系均方根偏差(root mean square deviation,RMSD)值均较小,平均分别为2.77 Å、2.18 Å,表明两化合物可与CCR5紧密结合,两者与CCR5结合的主要作用力包括氢键(结合氢键平均个数分别为5.19和4.65个)、范德华力(MTΔE vdw=-232.04±3.45 kJ·mol-1,FYΔE vdw=-193.66±0.56 kJ·mol-1)及非极性相互作用(MTΔE vdw±ΔG nonpolar=-255.73±4.03 kJ·mol-1,FYΔE vdw±ΔG nonpolar=-222.39±0.60 kJ·mol-1)。结论: 中药化合物MT和FY可与CCR5结合从而具有一定的抗HIV活性,可作为先导抗病毒中药化合物进行下一步结构改造。